קליפת המוח היא החלק החדש והסבוך ביותר במוח, והיא השולטת ברקמות משכבת הנבט אקטודרם, שמהוות כיסוי או רפידה דקה על גבי רקמות משכבות מוקדמות יותר בכל רחבי הגוף (אפידרמיס בעור, ריריות הפה, האף, הגרון, חלק מהקיבה והתריסריון, צינורות המרה, החלחולת, צינורות החלב בשד ועוד…). רפידת האקטודרם מהווה את הרקמה החושית העיקרית עבור כל חמשת החושים. הקונפליקטים העיקריים כאן הם קונפליקט טריטוריאלי, קונפליקט מיני וקונפליקט פרידה. רקמות שכבה זו מגיבות בהחסרת תאים (על ידי כיוב) ובשינוי רמת התחושה (אלחוש או כאב וגרד) במהלך השלב הפעיל, ובשיקום הכיבים ורמת התחושה בשלב התיקון.

לקליפת המוח מספר חלקים תפקודיים (ראו בפינה הימנית עליונה בתרשים). לציון ספציפי ראוי החלק המוטורי של קליפת המוח השולט על תנועתיות השרירים (אך לא על ההיבט הטרופי של רקמת השריר והזנתו, הנשלטים מהמדולה של קליפת המוח) ומגיב לקונפליקט ‘תקיעות’ (אי יכולת/קושי לנוע/לברוח, מעשית או מטפורית), עם שיתוק של השריר ההולך ומתגבר במהלך השלב הפעיל, ובשיקום יכולת התנועה בשלב התיקון.